ジャックとトニー、生物兵器が到着するらしい港で合流。

銃撃戦のあと、ジャックがトレーラを奪取。囮のトニーは逃げ切れず人質に。

傷のついたコンテナから細菌が漏れていることに気づいたジャックが
トレーラを停車させ降りたところを追ってきた連中に襲われコンテナを奪われる。

ジャック、ＦＢＩに連絡。

「俺も細菌に感染してしもた」

つづく。

ジャック・バウアー逃走中。

逃げるときに持ち出した監視カメラのデータをレネーに送り、バーネット殺害犯の
身元を調べてもらう。特殊部隊出身のジョン・クインだと判明する（現在はスタークウッドという民間会社勤務）。メイヤー議員がスタークウッドの調査をしていたことがわかり、ジャックはメイヤー邸へ。

レネー、隠れてジャックに協力していたことがラリーにバレてしまい、ＦＢＩ内で拘束される。

ジャック、メイヤー議員と話をして、ジュマとスタークウッドが生物兵器に関係して
いることがわかる。しかし、警察に成りすましたジョンが襲撃してきてメイヤー議員殺害される。
遅れて到着した警察は、ジャックがメイヤー議員を殺害したと判断し、ジャックを
射殺する許可をだす。

ジャック、追ってきたジョンを殺し、トニー・アルメイダに電話して助けを求める。

ホワイトハウスが、ジュマ（テロリスト）に占拠されている。

大統領が脅されて声明読まされている時、ビル・ブキャナンがガスが充満していた部屋に 飛び込み誘爆させてテロリスト達が吹っ飛ぶ。ＦＢＩ突入し、大統領は無事。
死亡したビルの隣でジャックは途方にくれる。

ビルが行動する前に「ジュマにはまだ仲間がいる」とジャックに告げたため、ジャックは 引き続き調査することに。バーネットにもう一度尋問するため病院に行くが、殺し屋に 神経ガスを病室に投げ込まれ、ジャックの目の前でバーネット殺される。
ジャックが殺したかのように工作されたため、ジャックはその場から逃走。
ＦＢＩに追われることに。