ソナ（パナマの刑務所）の中で戸惑うマイケルとベリックとＴバックとマホーン。

リンクはマイケルをソナから救い出そうと領事館などで話をする。サラは行方不明。マホーンはマイケルに助け合わないかと持ちかけるがマイケルは断る。サミー（リチェロの手下）が、新入りのマイケル達をソナ内のボス・リチェロのもとへ挨拶に連れていく。
地下の下水掃除を命令されるベリック。そこに隠れていた謎の男から食べ物をもらう。
Ｔバックはリチェロをボスと呼び手下にしてもらうことに。

バーでカンパニーの女から話し掛けられるリンカーン。マイケルに面会にいくリンカーン。そこでマイケルに「ある人物を脱走させて欲しがっている人たち（＝カンパニー）がいる」と告げる。ある人物というのは「ジェームス・ウィスラー」。断るマイケル。リンカーンは、ＬＪとサラがカンパニーに捕らえられている映像を携帯でマイケルに見せる。１週間以内にウィスラーを脱獄させないと二人は殺される。愕然とするマイケル。

つづく。

シーズン３　主な登場人物

■刑務所の中
・マイケル・スコフィールド
・セオドア・"ティーバッグ"・バッグウェル
・アレクサンダー・マホーン（元ＦＢＩ）
・ブラッド・ベリック（元所長）
・ジェームス・ウィスラー（自称・元漁師。謎の人物でありシーズン３のキーパーソン）
・リチェロ（ソナ刑務所内のボス的囚人）
・サミー（リチェロの手下）
・（いつもバスケしてる少年）


■刑務所の外
・リンカーン・バロウズ（マイケルの兄）
・フェルナンド・スクレ
・ソフィア・ルゴ（ウィスラーの彼女）
・グレチェン・モーガン（偽名はスーザン・アントニー）（カンパニーの女）
・リンカーン・バロウズ Jr "LJ"（マイケルの甥、リンカーンの子供）